南京大學(xué)匡亞明學(xué)院的發(fā)展先后經(jīng)歷了少年部（1985年），基礎(chǔ)學(xué)科教學(xué)強(qiáng)化部（1989年），基礎(chǔ)學(xué)科教育學(xué)院（1998年），到被更名為匡亞明學(xué)院（2006年）四個(gè)階段，時(shí)間跨度已30年。作為南京大學(xué)乃至教育部教育改革和杰出人才培養(yǎng)的創(chuàng)新試點(diǎn)單位，碩果累累，取得了卓著的成功。先后培養(yǎng)了匡亞明學(xué)院本院1800余名高素質(zhì)、高水平從事物理、數(shù)學(xué)、化學(xué)、生物和相關(guān)交叉學(xué)科科學(xué)研究型以及從事行政管理、金融服務(wù)、科技企業(yè)等領(lǐng)域應(yīng)用型的青年人才。他們中有許多已成為國(guó)內(nèi)外知名學(xué)者和高級(jí)專家。另一方面，其“以重點(diǎn)學(xué)科為依托，按學(xué)科群打基礎(chǔ)；以一級(jí)學(xué)科方向分流，貫通本科和研究生教育”大理科培養(yǎng)模式，已在國(guó)內(nèi)甚至國(guó)際上產(chǎn)生了重要影響?？飦喢鲗W(xué)院的創(chuàng)新辦學(xué)模式、優(yōu)秀人才培養(yǎng)成果和經(jīng)驗(yàn)以及與培養(yǎng)模式相匹配的教材著作等，先后多次獲國(guó)家級(jí)教學(xué)成果獎(jiǎng)，江蘇省特等獎(jiǎng)等多個(gè)集體獎(jiǎng)項(xiàng)以及10多項(xiàng)個(gè)人獎(jiǎng)項(xiàng)，為南京大學(xué)進(jìn)行本科教學(xué)“三三制”改革的實(shí)施打下堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)，在國(guó)內(nèi)高校起了明顯的示范作用。

 南京大學(xué)匡亞明學(xué)院理科強(qiáng)化班以南京大學(xué)少年班為前身。1985年，在有識(shí)之士的推動(dòng)下，南京大學(xué)成立少年班，嘗試少年英才的培養(yǎng)，并面向全國(guó)招生。1989年，在原國(guó)家教委關(guān)于保護(hù)和加強(qiáng)基礎(chǔ)學(xué)科的精神指導(dǎo)下，南京大學(xué)設(shè)立系級(jí)建制的基礎(chǔ)學(xué)科教學(xué)強(qiáng)化部。1993年成為國(guó)家理科基礎(chǔ)科學(xué)人才培養(yǎng)基地—多學(xué)科綜合點(diǎn)（大理科試驗(yàn)班）。1998年，為進(jìn)一步推廣強(qiáng)化部的辦學(xué)模式，作為南京大學(xué)在教學(xué)改革方面邁出的重要一步，南京大學(xué)組建了基礎(chǔ)學(xué)科教育學(xué)院?；A(chǔ)學(xué)科教育學(xué)院的成立是南京大學(xué)培養(yǎng)有創(chuàng)新意識(shí)和創(chuàng)新能力的符合新時(shí)代要求的新型基礎(chǔ)學(xué)科人才的一項(xiàng)重要舉措。2006年3月,   在我國(guó)著名的馬克思主義思想理論家、教育家、社會(huì)活動(dòng)家，南京大學(xué)老校長(zhǎng)匡亞明誕辰100周年之際，為繼承和發(fā)揚(yáng)南京大學(xué)老校長(zhǎng)匡亞明先生的教育思想和辦學(xué)理念，進(jìn)一步推進(jìn)通識(shí)教育的辦學(xué)思想和教育理念，南京大學(xué)決定將基礎(chǔ)學(xué)科教育學(xué)院更名為匡亞明學(xué)院。2007年起，作為國(guó)家級(jí)國(guó)際化復(fù)合型大文科創(chuàng)新人才培養(yǎng)實(shí)驗(yàn)區(qū)的應(yīng)用文科強(qiáng)化班也被吸納入匡亞明學(xué)院實(shí)施統(tǒng)一管理并組織教學(xué)。2009年理科強(qiáng)化班入選南京大學(xué)基礎(chǔ)學(xué)科拔尖學(xué)生培養(yǎng)試驗(yàn)計(jì)劃。

目前，匡亞明學(xué)院作為南京大學(xué)推進(jìn)通識(shí)教育的試點(diǎn)單位，設(shè)置有大理科強(qiáng)化班和應(yīng)用文科強(qiáng)化班（因?qū)W科調(diào)整，應(yīng)用文科強(qiáng)化班于2013年起暫停招生 ）。在理科方面，實(shí)施國(guó)家有關(guān)基礎(chǔ)學(xué)科拔尖人才培養(yǎng)計(jì)劃，專注具有大理科特色的基礎(chǔ)學(xué)科如物理、數(shù)學(xué)、化學(xué)、生物及其交叉學(xué)科后備研究型精英人才的培養(yǎng)。在應(yīng)用文科方面，專注與新聞、法學(xué)和經(jīng)濟(jì)學(xué)相關(guān)的精英人才培養(yǎng)。以“以重點(diǎn)學(xué)科為依托，按學(xué)科群打基礎(chǔ)，以一級(jí)學(xué)科分方向，貫通本科和研究生教育”為模式，以“創(chuàng)新本科通識(shí)教育和研究性教學(xué)、強(qiáng)化科學(xué)研究基本訓(xùn)練、推進(jìn)國(guó)際化合作培養(yǎng)，提升政治思想品德教育，探索個(gè)性化人才培養(yǎng)，使高素質(zhì)創(chuàng)新拔尖人才脫穎而出”為途徑，以“培養(yǎng)具有良好科學(xué)精神、人文素養(yǎng)、寬厚學(xué)科基礎(chǔ)、突出創(chuàng)新能力的拔尖人才”為目標(biāo)。