南京農(nóng)業(yè)大學(xué)馬克思主義學(xué)院獨(dú)立建制于2011年5月。學(xué)院本著“博以求精，和而不同”的宗旨和“思正致遠(yuǎn)”的院訓(xùn)，承擔(dān)著全校思想政治理論課（簡稱“思政課”）教學(xué)和3個(gè)碩士點(diǎn)的人才培養(yǎng)工作。

學(xué)院現(xiàn)有教工55人，其中在職專任教師50人，行政人員4人，師資博士后1人。在職教師中，教授9人，副教授20人；37人具有博士學(xué)位，先后有7人進(jìn)入博士后流動(dòng)站從事研究工作。

學(xué)院前身可溯源至1952年設(shè)立的馬列主義教研組。1960年5月，更名為馬列主義教研室(簡稱“馬列室”)，成為學(xué)校直屬單位。1986年6月，馬列室更名為社會(huì)科學(xué)部(簡稱“社科部”)，承擔(dān)全校思政課教學(xué)與研究工作。1993年5月，創(chuàng)辦“公共關(guān)系與秘書”2年制專科專業(yè)。1995年，創(chuàng)辦“社會(huì)學(xué)”4年制本科專業(yè)及“工商行政管理”成人教育專業(yè)。1996年“科學(xué)技術(shù)哲學(xué)”碩士點(diǎn)獲農(nóng)業(yè)部批準(zhǔn)招生。

1996年9月，社科部與德育教研室、基礎(chǔ)課部的外國語教研室合并組建人文社會(huì)科學(xué)學(xué)院（簡稱‘人文學(xué)院’）。人文學(xué)院下設(shè)的社會(huì)科學(xué)系，負(fù)責(zé)全校的“兩課”教學(xué)與研究工作。2000年，人文學(xué)院與中國農(nóng)業(yè)遺產(chǎn)研究室合并，社會(huì)科學(xué)系更名為“兩課”教研中心。

2005年10月，校直屬思想政治理論課教研部(簡稱“思政部”)成立，與人文學(xué)院合署辦公，繼續(xù)負(fù)責(zé)全校思政課教學(xué)工作。2007年，思政部新增“馬克思主義基本原理”、“思想政治教育”兩個(gè)碩士點(diǎn)。

2011年5月，思政部與人文學(xué)院分設(shè)。

2015年6月，思政部更名為政治學(xué)院。

2017年10月，成立馬克思主義學(xué)院，與政治學(xué)院一個(gè)機(jī)構(gòu)，兩塊牌子。