動物科技學(xué)院辦學(xué)歷史悠久，淵源于1917年南京高等師范所設(shè)農(nóng)科，是國內(nèi)最早設(shè)立的一個畜牧獸醫(yī)高等教育單位。1921年在南京高等師范的基礎(chǔ)上成立的東南大學(xué)正式設(shè)立畜牧系，1927年東南大學(xué)更名為中央大學(xué)，新中國成立后中央大學(xué)更名為南京大學(xué)。1952年全國高等院校調(diào)整成立南京農(nóng)學(xué)院，由原南京大學(xué)農(nóng)學(xué)院的畜牧獸醫(yī)系和浙江大學(xué)農(nóng)學(xué)院的畜牧獸醫(yī)系合并成立南京農(nóng)學(xué)院畜牧獸醫(yī)系，分設(shè)畜牧、獸醫(yī)兩個專業(yè)。1983年畜牧獸醫(yī)系分開，成立畜牧系和獸醫(yī)系。1994年畜牧系更名為動物科學(xué)系，1996年正式成立動物科技學(xué)院。

學(xué)院設(shè)有動物遺傳育種與繁殖系、動物營養(yǎng)與飼料科學(xué)系、特種經(jīng)濟(jì)動物與水產(chǎn)系?，F(xiàn)有教職工133人（專任教師83人），其中教授38名、副教授31名，博導(dǎo)34人、碩導(dǎo)62人；國務(wù)院“政府特殊津貼”2人，國家自然科學(xué)基金杰出青年基金獲得者1人、優(yōu)秀青年基金獲得者2人，“973”首席科學(xué)家1人，國家“萬人計劃”教學(xué)名師1人，現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系崗位科學(xué)家2人，江蘇省杰出青年基金獲得者1人，教育部新世紀(jì)人才1人、青年骨干教師3人，江蘇現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系首席專家2人、崗位專家7人，江蘇省“六大高峰人才” 2人、333高層次人才工程培養(yǎng)對象5人、青藍(lán)工程中青年學(xué)術(shù)帶頭人2人、骨干教師培養(yǎng)計劃2人、教學(xué)名師1人、雙創(chuàng)博士1人，南京農(nóng)業(yè)大學(xué)鐘山學(xué)者計劃首席教授4人、學(xué)術(shù)骨干7人、鐘山學(xué)術(shù)新秀9人，“新中國60年畜牧獸醫(yī)科技貢獻(xiàn)獎（杰出人物）” 1人。

擁有畜牧學(xué)學(xué)科博士點(diǎn)和1個博士后流動站，4個二級博士點(diǎn)、4個二級碩士點(diǎn)，畜牧學(xué)為江蘇省“十三五”重點(diǎn)學(xué)科和優(yōu)勢學(xué)科；在上海軟科2017年、2018年“中國最好學(xué)科”排名中均位列全國第二。本科設(shè)有動物科學(xué)、水產(chǎn)養(yǎng)殖、金善寶書院實驗班（動物科學(xué)動物生產(chǎn)方向）、卓越農(nóng)林復(fù)合應(yīng)用人才班。動物科學(xué)為國家一流本科專業(yè)建設(shè)點(diǎn)、江蘇省品牌專業(yè)，水產(chǎn)養(yǎng)殖學(xué)為江蘇省一流本科專業(yè)、江蘇省特色專業(yè)。開設(shè)國家一流本科課程虛擬仿真課程1門，國家一流本科課程在線課程1門，國家級精品課程2門、視頻公開課1門、資源共享課2門、省級精品在線開放課程3門。在校本科生500余名，研究生400余名。

建有動物科學(xué)類國家級實驗教學(xué)示范中心、國家動物消化道營養(yǎng)國際聯(lián)合研究中心、農(nóng)業(yè)農(nóng)村部牛冷凍精液質(zhì)量監(jiān)督檢驗測試中心（南京）、農(nóng)業(yè)農(nóng)村部動物生理生化重點(diǎn)實驗室（共建）、江蘇省消化道營養(yǎng)與動物健康重點(diǎn)實驗室、江蘇省動物源食品生產(chǎn)與安全保障重點(diǎn)實驗室、江蘇省水產(chǎn)動物營養(yǎng)重點(diǎn)實驗室、江蘇省家畜胚胎工程實驗室、江蘇省奶牛生產(chǎn)性能測定中心。“十三五”期間，累計到賬科研經(jīng)費(fèi)1.7億元，主持部省級及以上科研項目200余項，在國際優(yōu)秀期刊發(fā)表論文900余篇，新增50余項專利授權(quán)，以第一完成單位獲部省級及以上科技獎勵6項。與國內(nèi)20多家知名企業(yè)建立緊密合作關(guān)系，每年獎學(xué)、獎教金達(dá)70余萬元。

注重交流及合作，先后與美、英、法、德、丹麥、加拿大、澳大利亞、荷蘭、日本等國20多所大學(xué)建立合作關(guān)系；與廣西大學(xué)動物科技學(xué)院簽訂對口合作協(xié)議；依托動物消化道營養(yǎng)國際聯(lián)合研究中心，與蒙古、巴基斯坦、伊朗等10國高校代表簽署建立“一帶一路”畜牧科技創(chuàng)新聯(lián)盟備忘錄，與埃塞俄比亞阿瓦薩大學(xué)、泰國孔敬大學(xué)、坦桑尼亞索科尼農(nóng)業(yè)大學(xué)等7所高校簽署雙邊合作協(xié)議。

學(xué)院在百年的發(fā)展歷史中，動物科學(xué)各領(lǐng)域取得了一批豐碩的部省級以上教學(xué)和科研成果，為國家培養(yǎng)了3000多名本科生與研究生，其中包括中國工程院院士任繼周和劉守仁在內(nèi)的一大批高級專門人才。