南京農業(yè)大學信息科技學院可追溯至1981年成立的計算中心和1985年籌建的農業(yè)圖書情報專業(yè)。1987年設立了農業(yè)圖書情報系，1993 年農業(yè)圖書情報系更名為信息管理系，本科專業(yè)名稱也于1999年更名為信息管理與信息系統(tǒng)專業(yè)。2000年計算機科學與技術本科專業(yè)開始招生。2001年，信息管理系和計算中心合并成立信息科學技術學院。目前，信息科學技術學院下設計算機科學與技術系、信息管理系及計算機與信息技術實驗中心。

經過30多年的辦學歷程及建院10多年的發(fā)展，學院已由20世紀80年代中期單一的本科教育發(fā)展成為現在的本、碩、博多層次培養(yǎng)體系相結合的專業(yè)教育體系。目前的信息科學技術學院共有計算機科學與技術、網絡工程、信息管理與信息系統(tǒng)三個本科專業(yè)；圖書情報與檔案管理一級學科博士點；計算機科學與技術、圖書情報與檔案管理兩個一級學科碩士點；農業(yè)碩士（農業(yè)信息化領域）、圖書情報碩士兩個專業(yè)學位碩士點，擁有各層次全日制在校生800余人。其中，信息管理與信息系統(tǒng)專業(yè)為江蘇省特色專業(yè)，計算機科學與技術專業(yè)為校級特色專業(yè)，江蘇省卓越工程師計劃（軟件類）專業(yè)，情報學二級學科點為校級重點學科。此外，學院具有良好的實驗設施和教學科研環(huán)境，建有資料室、公共教學實驗室及各類專業(yè)教學實驗室。計算機與實驗設備總量達800余臺（套），價值1000多萬元，能夠為學生的實踐教學和教師科研活動提供良好的環(huán)境和必要的保障。

信息科學技術學院現有教職員工55人，其中專職教師41人，教授7人，副教授23人，具有高級職稱的教師占學院教師總數的73.17%以上，具有博士學位的教師占學院教師總數的75.61%，多名教師具有一年以上歐美知名大學訪學經歷。4位教師入選江蘇省“青藍工程”優(yōu)秀青年骨干教師，1位教師入選江蘇省“333高層次人才培養(yǎng)工程”第二層次，1位教師入選江蘇省“333高層次人才培養(yǎng)工程”第三層次，4位教師入選南京農業(yè)大學“鐘山學術新秀”。學院教師承擔過包括國家級重大、重點項目在內的一系列國家級、省部級項目，在科研及社會服務方面取得了豐碩的成果。