基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院下屬3個(gè)系（法醫(yī)學(xué)系、生物技術(shù)系和病理學(xué)系）、9個(gè)教研室（生物化學(xué)與分子生物學(xué)、生理學(xué)、生物學(xué)、人體解剖學(xué)、組織學(xué)與胚胎學(xué)、微生物與免疫學(xué)、人體寄生蟲學(xué)、病理學(xué)、病理生理學(xué)）和2個(gè)綜合性實(shí)驗(yàn)室（生理科學(xué)、病原生物學(xué)）。學(xué)院設(shè)有法醫(yī)學(xué)和生物技術(shù)2個(gè)本科專業(yè)。學(xué)院擁有省級(jí)特色重點(diǎn)學(xué)科2個(gè)、廳級(jí)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室1個(gè)、省級(jí)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心1個(gè)、省級(jí)教學(xué)團(tuán)隊(duì)1個(gè)、省級(jí)精品課程6門。學(xué)院有生物學(xué)和基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)2個(gè)一級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)。

學(xué)院師資力量雄厚，現(xiàn)有專任教師122人，副高以上職稱教師占55.7%、45.9%的教師具有博士學(xué)位；有博士生導(dǎo)師5人，碩士生導(dǎo)師46人；有南粵優(yōu)秀教師4人、省優(yōu)秀青年教師1人、省“揚(yáng)帆計(jì)劃”項(xiàng)目獲得者4人、“千百十工程”省級(jí)培養(yǎng)對(duì)象7人、省級(jí)教學(xué)名師1人。

近年來，學(xué)院獲得各級(jí)各類教學(xué)和科研項(xiàng)目150多項(xiàng)，發(fā)表SCI收錄論文110多篇、教研論文70多篇，主編和參編教材40多部?！袄钫苋梭w科學(xué)工作室”是學(xué)院設(shè)立的校級(jí)特色工作室，工作室微課堂閱讀量已超5000萬。

法醫(yī)學(xué)專業(yè)創(chuàng)辦于2003年，至今已連續(xù)招收15屆學(xué)生。學(xué)院始終狠抓學(xué)生的思想、專業(yè)和綜合素質(zhì)教育，逐步形成了“素質(zhì)過硬、技能扎實(shí)、知識(shí)全面”的法醫(yī)學(xué)專業(yè)人才培養(yǎng)特色。該專業(yè)在省內(nèi)、外11個(gè)公安局建有穩(wěn)定的法醫(yī)學(xué)臨案實(shí)習(xí)基地。廣東醫(yī)科大學(xué)司法鑒定中心是依托法醫(yī)學(xué)系開辦的、通過CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可的司法鑒定機(jī)構(gòu)，承擔(dān)法醫(yī)學(xué)系專業(yè)課的見習(xí)、實(shí)習(xí)和對(duì)外司法鑒定服務(wù)職能。法醫(yī)學(xué)專業(yè)畢業(yè)生就業(yè)前景良好，近年來一次性就業(yè)率均在95%以上，2016屆、2017屆畢業(yè)生考取國家公務(wù)員的比例超過50%。

生物技術(shù)專業(yè)是2016年新辦專業(yè)，主要依托我院生物學(xué)一級(jí)學(xué)科的師資力量，注重生物技術(shù)與基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)相結(jié)合，培養(yǎng)“厚基礎(chǔ)、寬口徑、強(qiáng)技能、重創(chuàng)新”的生物技術(shù)高級(jí)專門人才。生物化學(xué)與分子生物學(xué)是廣東省特色重點(diǎn)學(xué)科，該學(xué)科擁有教授10名，并建有2個(gè)教育廳重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。雄厚的師資力量和教學(xué)條件為生物技術(shù)專業(yè)的開設(shè)提供了良好條件。