南京大學(xué)匡亞明學(xué)院的發(fā)展先后經(jīng)歷了少年部（1985年），基礎(chǔ)學(xué)科教學(xué)強化部（1989年），基礎(chǔ)學(xué)科教育學(xué)院（1998年），到被更名為匡亞明學(xué)院（2006年）四個階段，時間跨度已30年。作為南京大學(xué)乃至教育部教育改革和杰出人才培養(yǎng)的創(chuàng)新試點單位，碩果累累，取得了卓著的成功。先后培養(yǎng)了匡亞明學(xué)院本院1800余名高素質(zhì)、高水平從事物理、數(shù)學(xué)、化學(xué)、生物和相關(guān)交叉學(xué)科科學(xué)研究型以及從事行政管理、金融服務(wù)、科技企業(yè)等領(lǐng)域應(yīng)用型的青年人才。他們中有許多已成為國內(nèi)外知名學(xué)者和高級專家。另一方面，其“以重點學(xué)科為依托，按學(xué)科群打基礎(chǔ)；以一級學(xué)科方向分流，貫通本科和研究生教育”大理科培養(yǎng)模式，已在國內(nèi)甚至國際上產(chǎn)生了重要影響。匡亞明學(xué)院的創(chuàng)新辦學(xué)模式、優(yōu)秀人才培養(yǎng)成果和經(jīng)驗以及與培養(yǎng)模式相匹配的教材著作等，先后多次獲國家級教學(xué)成果獎，江蘇省特等獎等多個集體獎項以及10多項個人獎項，為南京大學(xué)進行本科教學(xué)“三三制”改革的實施打下堅實的基礎(chǔ)，在國內(nèi)高校起了明顯的示范作用。

 南京大學(xué)匡亞明學(xué)院理科強化班以南京大學(xué)少年班為前身。1985年，在有識之士的推動下，南京大學(xué)成立少年班，嘗試少年英才的培養(yǎng)，并面向全國招生。1989年，在原國家教委關(guān)于保護和加強基礎(chǔ)學(xué)科的精神指導(dǎo)下，南京大學(xué)設(shè)立系級建制的基礎(chǔ)學(xué)科教學(xué)強化部。1993年成為國家理科基礎(chǔ)科學(xué)人才培養(yǎng)基地—多學(xué)科綜合點（大理科試驗班）。1998年，為進一步推廣強化部的辦學(xué)模式，作為南京大學(xué)在教學(xué)改革方面邁出的重要一步，南京大學(xué)組建了基礎(chǔ)學(xué)科教育學(xué)院。基礎(chǔ)學(xué)科教育學(xué)院的成立是南京大學(xué)培養(yǎng)有創(chuàng)新意識和創(chuàng)新能力的符合新時代要求的新型基礎(chǔ)學(xué)科人才的一項重要舉措。2006年3月,   在我國著名的馬克思主義思想理論家、教育家、社會活動家，南京大學(xué)老校長匡亞明誕辰100周年之際，為繼承和發(fā)揚南京大學(xué)老校長匡亞明先生的教育思想和辦學(xué)理念，進一步推進通識教育的辦學(xué)思想和教育理念，南京大學(xué)決定將基礎(chǔ)學(xué)科教育學(xué)院更名為匡亞明學(xué)院。2007年起，作為國家級國際化復(fù)合型大文科創(chuàng)新人才培養(yǎng)實驗區(qū)的應(yīng)用文科強化班也被吸納入匡亞明學(xué)院實施統(tǒng)一管理并組織教學(xué)。2009年理科強化班入選南京大學(xué)基礎(chǔ)學(xué)科拔尖學(xué)生培養(yǎng)試驗計劃。

目前，匡亞明學(xué)院作為南京大學(xué)推進通識教育的試點單位，設(shè)置有大理科強化班和應(yīng)用文科強化班（因?qū)W科調(diào)整，應(yīng)用文科強化班于2013年起暫停招生 ）。在理科方面，實施國家有關(guān)基礎(chǔ)學(xué)科拔尖人才培養(yǎng)計劃，專注具有大理科特色的基礎(chǔ)學(xué)科如物理、數(shù)學(xué)、化學(xué)、生物及其交叉學(xué)科后備研究型精英人才的培養(yǎng)。在應(yīng)用文科方面，專注與新聞、法學(xué)和經(jīng)濟學(xué)相關(guān)的精英人才培養(yǎng)。以“以重點學(xué)科為依托，按學(xué)科群打基礎(chǔ)，以一級學(xué)科分方向，貫通本科和研究生教育”為模式，以“創(chuàng)新本科通識教育和研究性教學(xué)、強化科學(xué)研究基本訓(xùn)練、推進國際化合作培養(yǎng)，提升政治思想品德教育，探索個性化人才培養(yǎng)，使高素質(zhì)創(chuàng)新拔尖人才脫穎而出”為途徑，以“培養(yǎng)具有良好科學(xué)精神、人文素養(yǎng)、寬厚學(xué)科基礎(chǔ)、突出創(chuàng)新能力的拔尖人才”為目標(biāo)。