藥學(xué)院創(chuàng)建于1998年，有藥學(xué)、中藥學(xué)、臨床藥學(xué)、藥物制劑4個本科專業(yè)，藥學(xué)一級博士學(xué)位授權(quán)點，藥學(xué)、中藥學(xué)2個一級學(xué)科碩士授權(quán)點和藥學(xué)博士后科研流動站，形成了本科、碩士、博士教育為一體的多層次辦學(xué)格局。

學(xué)院下設(shè)基礎(chǔ)與臨床藥理學(xué)、藥劑學(xué)、藥物化學(xué)、天然藥物化學(xué)、藥物分析、中藥學(xué)、中藥炮制、藥用有機化學(xué)8個教研室。擁有省部共建炎癥免疫性疾病國家重點實驗室（在建），抗炎免疫藥理學(xué)教育部重點實驗室，安徽省高校創(chuàng)新藥物研究院等實驗平臺。臨床藥學(xué)、藥學(xué)專業(yè)獲批國家級一流專業(yè)建設(shè)點，藥理學(xué)與毒理學(xué)進入ESI全球排名前1%的學(xué)科。2017年，安徽省省屬公辦普通本科高校一流學(xué)科獎補項目中，藥理學(xué)與毒理學(xué)進入世界一流學(xué)科，藥學(xué)進入國內(nèi)一流學(xué)科A類，2019年藥學(xué)學(xué)科獲得安徽省高峰學(xué)科重點項目支持。全國第四輪學(xué)科評估中，藥學(xué)一級學(xué)科獲評B類。

歷經(jīng)23年的發(fā)展，學(xué)院在師資隊伍和人才團隊建設(shè)方面取得了優(yōu)異的成績?，F(xiàn)有教職工79人，其中教授17人，副教授25人，博士生導(dǎo)師15人，碩士生導(dǎo)師46人，專任教師97%以上具有博士學(xué)位。有首批“全國高校黃大年式教師團隊”1項，臨床藥理學(xué)國家級教學(xué)團隊1項，課程思政國家教學(xué)團隊/教學(xué)名師1項，教育部骨干教師1名，國家百千萬人才工程1名，教育部新世紀(jì)優(yōu)秀人才1名，皖江學(xué)者4名，安徽省高校領(lǐng)軍人才2名，安徽省教學(xué)名師3名，安徽省學(xué)術(shù)和技術(shù)帶頭人7名，安徽省學(xué)術(shù)技術(shù)帶頭人后備人選5名，獲安徽省杰出（優(yōu)秀）青年基金9名。有多名教師在國內(nèi)學(xué)術(shù)團體任職，包括教育部高校藥學(xué)專業(yè)指導(dǎo)委員會副主任；全國高等學(xué)校臨床藥學(xué)專業(yè)教材評審委員會副主任委員、中國藥學(xué)會理事；中國藥理學(xué)會理事；國家食品藥品監(jiān)督管理局藥品、保健品和醫(yī)療器械評審專家、中國藥理學(xué)會藥學(xué)監(jiān)護專業(yè)委員會副主任委員、中國藥理學(xué)會臨床藥理學(xué)專業(yè)委員會委員、中國藥理學(xué)會生化藥理專業(yè)委員會委員、中國藥學(xué)會中藥和天然藥物專業(yè)委員會委員。

近幾年，學(xué)院承擔(dān)國家自然科學(xué)基金、國家重大基礎(chǔ)研究前期（973前期）研究、國家科技部863資助項目、“重大新藥創(chuàng)制”科技重大專項項目等各類自然科學(xué)研究項目100余項。先后在《Cancer Letter》、《PNAS》、《Hepatology》、《Nature Reviews Nephrology》等國際著名SCI刊物發(fā)表多篇高水平論文，獲得美國專利、歐洲專利和中國發(fā)明專利多項。

學(xué)院以“修身至善、博學(xué)悟真、中西兼容、知行并進”為育人理念，踐行知識探究、能力建設(shè)和人格養(yǎng)成“三位一體”的人才培養(yǎng)理念，培養(yǎng)學(xué)生的創(chuàng)新能力、創(chuàng)新精神和科學(xué)作風(fēng)。注重與國際藥學(xué)教育接軌，開展臨床藥學(xué)海外培訓(xùn)計劃，目前30名本科生參與赴美國東北俄亥俄醫(yī)科大學(xué)開展交流訪學(xué)。學(xué)院開展“卓越博士生提升計劃”，自2014年該項目啟動以來，已有10名博士研究生分別前往美國、德國、俄羅斯、澳大利亞等國家的著名高校聯(lián)合培養(yǎng)、訪問交流。近年來，學(xué)生培養(yǎng)質(zhì)量穩(wěn)步提高，本科和研究生年就業(yè)率達到95%以上。近年來，在全國各類大學(xué)生賽事上屢獲佳績，先后獲得國家級暑期“三下鄉(xiāng)”社會實踐優(yōu)秀團隊，“挑戰(zhàn)杯”全國大學(xué)生課外學(xué)術(shù)科技作品競賽二、三等獎，全國醫(yī)藥院校藥學(xué)/中藥學(xué)專業(yè)大學(xué)生實驗技能競賽連續(xù)五屆獲得特等獎，全國大學(xué)生藥苑論壇創(chuàng)新成果一等獎，安徽省大學(xué)生職業(yè)生涯規(guī)劃金、銀獎，“互聯(lián)網(wǎng)+”大學(xué)生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)大賽安徽賽區(qū)選拔賽省級銀獎、銅獎，安徽省大學(xué)生生物標(biāo)本制作大賽銀獎、銅獎等。