2000年，南京農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)業(yè)工程學(xué)院更名南京農(nóng)業(yè)大學(xué)工學(xué)院，其前身可追溯到1948年中央大學(xué)成立的農(nóng)業(yè)工程系與金陵大學(xué)成立的農(nóng)業(yè)工程系，老一輩農(nóng)業(yè)工程學(xué)家吳相淦、吳起亞、水新元、高良潤、潘君拯等一大批老一輩專家學(xué)者為學(xué)院的奠基與發(fā)展做出了卓越的貢獻。2020年，學(xué)校將農(nóng)業(yè)工程學(xué)科及機械工程學(xué)科及相關(guān)專業(yè)合并組成新的工學(xué)院，工學(xué)院作為學(xué)校的二級教學(xué)科研單位，邁入了新的發(fā)展階段。

工學(xué)院在南京農(nóng)業(yè)大學(xué)浦口校區(qū)辦學(xué)，校區(qū)位于南京江北新區(qū)，南臨長江、北依老山，環(huán)境優(yōu)美、交通便捷。工學(xué)院現(xiàn)有教職工150人，其中具有高級職稱的教師55人。師資隊伍中包括中科院百人專家1名、國務(wù)院政府特殊津貼專家2人，教育部優(yōu)秀青年教師1人，入選江蘇省“333”工程2人，江蘇省“青藍工程”中青年學(xué)術(shù)帶頭人2人，江蘇省“青藍工程”骨干教師8人，鐘山學(xué)者4人，鐘山學(xué)術(shù)新秀4人。

學(xué)院下設(shè)農(nóng)業(yè)工程系、機械工程系、材料工程系、電氣工程系、交通與車輛工程系5個教學(xué)單位。學(xué)院教學(xué)科研設(shè)施設(shè)備齊全，條件先進，設(shè)有農(nóng)業(yè)工程教學(xué)實驗中心（省級）、機械工程教學(xué)實驗中心（省級）、農(nóng)業(yè)電氣化與自動化教學(xué)實驗中心（省級）等教學(xué)平臺，學(xué)院設(shè)有農(nóng)業(yè)部農(nóng)村能源研究室、農(nóng)業(yè)部農(nóng)業(yè)工程研究室、江蘇省智能化農(nóng)業(yè)裝備重點實驗室、江蘇省現(xiàn)代設(shè)施農(nóng)業(yè)技術(shù)與裝備工程實驗室等省部級平臺，學(xué)院是江蘇省拖拉機產(chǎn)業(yè)技術(shù)創(chuàng)新聯(lián)盟牽頭單位。

學(xué)院人才培養(yǎng)體系完備，現(xiàn)有本科生2997人、研究生共442人，博士134，碩士308人，其中留學(xué)生23人。設(shè)有農(nóng)業(yè)工程博士后流動站及農(nóng)業(yè)工程一級學(xué)科博士、機械工程一級碩士學(xué)位授權(quán)點；擁有農(nóng)業(yè)機械化工程、農(nóng)業(yè)生物環(huán)境與能源工程、農(nóng)業(yè)電氣化與自動化等3個二級學(xué)科博士學(xué)位點及碩士授權(quán)點，擁有車輛工程、機械設(shè)計及理論、機械制造及其自動化、機械電子工程碩士學(xué)位授權(quán)點；設(shè)有機械工程碩士以及電子信息類專業(yè)學(xué)位授權(quán)領(lǐng)域。其中農(nóng)業(yè)工程為江蘇省優(yōu)勢學(xué)科，機械工程為江蘇省重點學(xué)科培育點。共開設(shè)農(nóng)業(yè)機械化及其自動化、交通運輸、車輛工程、機械設(shè)計制造及其自動化、材料成型及控制工程、工業(yè)設(shè)計、農(nóng)業(yè)電氣化7個本科專業(yè)，其中農(nóng)業(yè)機械化及其自動化是國家級特色專業(yè)建設(shè)點（2010）和國家一流專業(yè)建設(shè)點（2019）、農(nóng)業(yè)電氣化專業(yè)為江蘇省高校特色專業(yè)（2010）和國家一流專業(yè)建設(shè)點（2020）、材料成型及控制工程專業(yè)通過工程教育專業(yè)認證（2019）。

“十三五“以來，學(xué)院瞄準國際科技發(fā)展前沿和國家重大戰(zhàn)略、產(chǎn)業(yè)需求，圍繞農(nóng)業(yè)裝備現(xiàn)代設(shè)計理論與技術(shù)、土壤-機器系統(tǒng)、精細種植與收獲技術(shù)裝置、拖拉機電液控制技術(shù)、設(shè)施農(nóng)業(yè)環(huán)境模擬與控制、先進制造技術(shù)、生物質(zhì)轉(zhuǎn)化技術(shù)與裝備、精準農(nóng)業(yè)以及農(nóng)業(yè)機器人等科研領(lǐng)域開展攻關(guān)。其中獲得國家科技進步二等獎1項，省部級獎項3項。近年來，全院年均發(fā)表SCI和EI收錄高質(zhì)量論文100余篇；年均獲授權(quán)國家專利120余件，其中授權(quán)國家發(fā)明專利20余件。

學(xué)院堅持“以學(xué)生為中心”的辦學(xué)理念，以培養(yǎng)兼具“世界眼光”、“中國情懷”、“南農(nóng)品質(zhì)”和“工學(xué)特色”的高素質(zhì)人才為核心目標，重在培養(yǎng)學(xué)生的科技創(chuàng)新實踐能力，在課程建設(shè)和教學(xué)改革等方面取得了豐碩成果。目前學(xué)院建有國家級課程2門，省級精品在線開放課程1門。學(xué)院推動實施“貼合社會需求，突出專業(yè)特點，適應(yīng)個性發(fā)展”的三位一體科技創(chuàng)新平臺。實踐教學(xué)和創(chuàng)新能力培養(yǎng)成效顯著，近5年來，SRT累計立項700余項，本科生發(fā)表科研論文350余篇、專利90余項，累計1000余人次榮獲包括京都國際大學(xué)生創(chuàng)業(yè)比賽國際金獎，“挑戰(zhàn)杯”全國大學(xué)生課外學(xué)術(shù)科技作品競賽江蘇省特等獎、全國二等獎，中國大學(xué)生方程式汽車大賽全國一等獎等省部級以上課外科技競賽榮譽；圍繞創(chuàng)新、創(chuàng)意、創(chuàng)業(yè)“三創(chuàng)”理念，打造大學(xué)生“三創(chuàng)”空間工作室，入選南京市首批“眾創(chuàng)空間”，成為南京市浦口高校就業(yè)創(chuàng)業(yè)社團聯(lián)盟理事單位、大橋社區(qū)創(chuàng)新示范基地，年度完成創(chuàng)意服務(wù)101項，完成創(chuàng)新成果轉(zhuǎn)化14項。學(xué)院人才培養(yǎng)效果得到社會廣泛認可，畢業(yè)生就業(yè)質(zhì)量常年位居學(xué)校前列。

學(xué)院國際合作和交流日益廣泛，先后與美國、加拿大、英國、法國、德國、日本、韓國等十多個國家和地區(qū)的高校、研究機構(gòu)保持著較為密切的合作關(guān)系，與國外著名高校設(shè)立學(xué)生聯(lián)合培養(yǎng)、交流訪學(xué)項目二十余項，與美國伊利諾伊香檳大學(xué)及加州大學(xué)戴維斯分校建立了3+X研究生項目、與法國梅斯國立工程師學(xué)院建立了“3+2”中法工程師班項目、與德國柏林工業(yè)大學(xué)建立有3+X中德工程師項目，與英國考文垂大學(xué)建立了“2+2”“3+1”本科雙學(xué)位項目、“4+1”研究生項目等，與國外多所大學(xué)共設(shè)交換留學(xué)項目、訪學(xué)項目和暑期學(xué)分項目。