合肥師范學院音樂學院源于原安徽教育學院藝術(shù)系音樂專業(yè)。1988年4月，由教育廳批準原安徽教育學院藝術(shù)系音樂專業(yè)成立。自1990年9月起，安徽教育學院藝術(shù)系音樂專業(yè)招收成人脫產(chǎn)?？七M修生，1990年至1995年共招收5屆150名成人脫產(chǎn)?？七M修生；1996年7月成人脫產(chǎn)專科停招。自1995年9月1日藝術(shù)系音樂專業(yè)開始招收專升本層次的成人脫產(chǎn)本科生，至2004年7月，共招收9屆270名成人脫產(chǎn)本科進修生。2005年至2006年音樂專業(yè)與安徽師范大學音樂系聯(lián)合招收了2屆普通全日制本科生，其間學校由成人本科院校改制為合肥師范學院，從專業(yè)設置到師資隊伍建設都經(jīng)歷了重大變化，專業(yè)課程設置逐步完成了向全日制普高本科音樂學（師范）專業(yè)的轉(zhuǎn)型，師資隊伍擴展到15人。2007年，由于學校改制的專業(yè)調(diào)整需要，當年音樂專業(yè)停招普通全日制本科生，當年只招收一屆普通全日制三年制?？粕?/p>

2008年4月，由于學校改制更名為合肥師范學院之后院系調(diào)整的需要，正式成立音樂系。同年9月，音樂系招收了第一屆由合肥師范學院音樂系獨立培養(yǎng)的音樂學（師范）專業(yè)本科生和?？粕?，同時音樂系的建章立制工作全面啟動。同年4月，音樂系音樂學（師范）、音樂學（非師范）的人才培養(yǎng)方案正式出臺，成立了理論、聲樂、鍵盤、器樂四個教研室和一個藝術(shù)實踐教研室，其時共有教職員工25人。2009年8月，音樂系招收了第二屆音樂學（師范）專業(yè)的本科生和專科生。2010年8月，音樂系在音樂學（師范）專業(yè)的基礎(chǔ)上，拓展了音樂學（非師范）專業(yè)方向，招收音樂學（非師范）專業(yè)的本科生。2010年7月，音樂系正式申報音樂表演本科專業(yè)，當年獲教育部的批準，并于2011年8月正式招生。自2011年8月起，音樂系初步完成了音樂學（教師教育）、音樂表演兩個本科專業(yè)的建設并同時招生。2014年5月，學校在音樂系的基礎(chǔ)上正式批準成立音樂學院,下設音樂理論系、聲樂系、鋼琴系、器樂系（藝術(shù)實踐中心）共計四個系。截至2021年4月，專任教師43人，其中教授2人、副教授17人、講師18人、助教6人。